São quatro passos mínimos:

• Importando a biblioteca:

  import networkx as nx

• Ler o arquivo com a lista de ligações (edge list)

  G=nx.read_edgelist('arquivo.dat')

• Quebrar as componentes conectadas

  sG=nx.connected_component_subgraphs(G)

• Salvar a componente gigante, é o primeiro grafo da lista sG

  nx.write_edgelist(sG[0],'saida.dat')

Apenas isso, e o grafo está separado.