Além de uma poderosa ferramenta para análise estatística de resultados experimentais ou provenientes de simulações o R constrói gráficos muito bacanas também para seu artigo. Dessa maneira se você for optar por múltiplos gráficos numa página e precisa de um título comum a todos use a função mtext lembrando antes de definir margens externas com a função par:

par(mfrow=c(1,2),mar=c(4,4,1,1),oma=c(0,0,2,0))
plot(x,y)
plot(t,r)
mtext('título comum aos dois plots',outer=TRUE)

aqui par define que serão dois gráficos lado a lado com o vetor c(1,2) passado como valor do argumento mfrow, mar define margens internas de cada gráfico, em que o vetor deve possuir valores para os tamanhos das margens inferior, esquerda, superior e direita respectivamente, e oma define as margens externas, escolhi adicionar 2 espaços para a parte superior apenas. Na sequencia os comandos plot para desenhar os gráficos obedecendo o layout aplicado em par e o título mtext com o argumento outer verdadeiro para que a string fique nas margens externas.