Uma ótima ferramenta de análise de dados, o R, pode mandar mensagens pro melhor programa para a visualização destes. Basta usar:

library('TeachingDemos')
gp.open('/usr/bin/gnuplot') # ou onde é que seu binário para o gnuplot está
gp.plot(x,y,'p ou l') # use p para pontos e l para linhas
gp.splot(x,y,z) # o legal que eles, x, y e z, são vetores do R
gp.send('o comando de gnuplot que lhe der na telha')

não aprendi a controlar o tamanho dos pontos e demais frescuras