Bem poderia estar usando o python para essa tarefa. Mas vamos ao que interessa.

Tenho várias amostras de uma dada simulação: a1, a2, a3… E quero ainda variar os tipos de amostras: b1, b2… c1, c2…

Então como poderia reunir todas elas numa estrutura única no R? Basta usarmos listas de listas, recurso muito fácil de usar em linguagens como perl e python. O R também aceita isso.

Voltemos ao meu conjunto, D será minha estrutura mestre, e supondo que minhas amostras são separadas por parâmetros a, b, c, etc. Logo vou supor que a's, b's e c's já estejam abertos em listas, logo:

D[[1]] <- list(a1) # sem índice para a primeira entrada
D[[1]][2] <- list(a2) # a partir daqui usa-se o índice deste nível de dados
D[[1]][3] <- list(a3)
...
D[[2]] <- list(b1)
D[[2]][2] <- list(b2)
...

Claro que um laço for pode ser usado para otimizar o procedimento de leitura e novamente a read.table dar lugar às lista a's, b's, etc.