Tenho vários arquivos de dados divididos entre 200 amostras de 6 parâmetros diferentes. Para tratar essa massa de dados apenas usei uma list para navegar entre os diferentes parâmetros que contém cada posição, uma data.frame para a tabele de amostras. A entrada de dados fica portanto?

x <- list()
for(i in 1:6) { # laço para parâmetros
  x[i] <- data.frame(read.table(paste('./data/N1e3p',format(p[i],sci=FALSE),'.',1,'..dat',sep="")))
  for(j in 2:200) { # laço para amostras, note que o data.frame foi iniciado e ele está nos dois lados da atribuição para que suas colunas possam ser adicionadas ao fim da tabela.
  # a função format deixa o número em decimal como no nome do arquivo e a função paste concatena meus objetos com um separador nulo (sep="")
    x[[i]] <- data.frame(x[[i]],read.table(paste('./data/N1e3p',format(p[i],sci=FALSE),'.',j,'..dat',sep="")))
  }
}

Agora a vida se torna mais fácil, por exemplo, vou querer o gráfico da evolução do valor médio das minhas amostras, então para o primeiro parâmetro por exemplo faço:

plot(1:1000,rowMeans(x[[1]][1:1000,]))

E o que mais a imaginação permitir.